东南大学交通学院成立于1995年，其前身可追溯到上世纪二、三十年代的国立东南大学交通运输系及国立中央大学土木工程系的路工组、五十至八十年代南京工学院土木工程系的道路教研组、1987年成立的运输工程研究所、1989年成立的交通运输工程系。

 交通学院现设有7个系、3个研究中心及2个产业机构，拥有“交通运输工程”学科博士后科研流动站、“交通运输工程”一级学科国家重点学科、一级学科博士点，以及土木工程一级学科博士点（与土木学院共建）、九个二级学科博士点和十三个硕士点，设有6个本科专业。

东南大学交通学院成立于1995年，其前身可追溯到原中央大学工学院土木工程系的路工组、五十至八十年代南京工学院土木工程系的道路教研组、1987年成立的运输工程研究所、1989年成立的交通运输工程系。

1995年，东南大学为适应当时国家对交通建设人才急切需求的大好形势及加强交通运输学科建设的需要，在原运输工程研究所、交通运输工程系的基础上组建成立交通学院。

2000年4月，原东南大学与（铁道部）原南京铁道医学院、（交通部）原南京交通高等专科学校、（国土资源部）原南京地质学校合并，成立新东南大学。其中，原南京交通高等专科学校及原南京地质学校的部分学科、专业并入交通学院，组建成立新交通学院。

2018年搬迁至九龙湖校区新大楼。